巴喬在97/98賽季，加入了博洛尼亞俱樂部。
在提到為何巴喬會去博洛尼亞之前，我們先了解一下博洛尼亞這個城市與這支球隊，博洛尼亞是義大利中北部的城市，這裡最大的特色就是美食與文化，所謂的意式肉醬面的肉醬，指的就是博洛尼亞肉醬，這裡正是發源地，而這裡的博洛尼亞大學，是西方第一所大學，這裡是義大利的學術中心。
博洛尼亞的市中心是一座古城，保留了自中世紀以來的大量建築物，也是目前歐洲保留最好的中世紀城市，儲存面積也是歐洲第二大，所以這座城市，被稱為“美食之都”與“學術之都”。
不過正如所有大學城市與文化城市的特點一樣，博洛尼亞當然不比米蘭與都靈這種義大利現代化大城市，而博洛尼亞 這支球隊，只有在20年代到60年代的早期，才在意甲有著尚可的成績，此後的成績一直都是處在升降級之間，整個80年代都在浮浮沉沉，多數時間都在意乙，直到96/97賽季才重返意甲，重回意甲的第一年他們倒是打出了第7名的好名次。
換言之，作為歐洲足球先生的巴喬在97/98賽季是加入了一支才升級一年的中游球隊， 這令許多人大感意外。
有些人對於巴喬當年為何轉會至博洛尼亞有著疑問，他應該可以去到其他成績不錯的球隊，為何會跑去博洛尼亞？
事實上，巴喬當年的這個轉會，怎麼看都像是個突發狀況。原本這年薩基在AC米蘭救火失敗，在96/97賽季結束後離任，AC米蘭再把卡佩羅從皇家馬德里請回來，但卡佩羅直接告訴巴喬，在新的建隊計劃裡沒有巴喬的位置，他要採用更多年輕球員，這樣一來巴喬只好離開AC米蘭，如果真要留巴喬，球隊總能騰出一個位置給他這樣的高手的，這事實上就是請他離開的意思。
而從巴喬在博洛尼亞只待了一年，之後便前往國際米蘭這點看來，博洛尼亞只是他暫時停留的一站，因為很少有球員轉會只待一年的，而且巴喬這一年在博洛尼亞又非常成功，隔年就去國米真的有點奇怪，國際米蘭的老闆莫拉蒂很欣賞巴喬，此前也向他發出邀請過，只是當時巴喬去了球隊成績更好的AC米蘭，而兩個米蘭是超級死敵，從這點看來，博洛尼亞有可能只是在AC米蘭與國際米蘭之間做了個緩衝讓巴喬可以轉會，以避免直接轉會引發的糾紛與衝突。
只是沒有人想到，或許巴喬自己也沒有想到，他會在這裡取得生涯單季最高的進球數，併成為該年度義大利本土第一射手！
巴喬前往博洛尼亞已經令大家很驚訝，沒想到他才加入球隊，便做出更令人驚訝的事情，他把自己留了多年的馬尾辮給剪了，直接剪成平頭，這舉動比他轉會博洛尼亞還令人震驚，因為這馬尾辮已經成為了巴喬的標誌，在球迷間更是一種精神象徵。
巴喬這個舉動令人清楚地感受到他想揮別過去的決心。
博洛尼亞回到意甲之後，他們的策略很明確，就是收集在各強豪球隊打不上主力的球員，這種球員相對來說價格實惠，而且實力並不差，巴喬在這支球隊裡的主要隊友是曾在尤文圖斯呆了8年的馬羅奇，曾在國際米蘭呆了6年的馮託蘭，以及帕拉馬蒂（後來前往尤文圖斯） 。
不過巴喬在此最強的隊友，就是安德森。
安德森就是1994世界盃裡季軍瑞典隊的主力前鋒，他在這屆世界盃裡攻入5球，是與羅馬里奧，巴喬，克林斯曼並列，身高193，速度與力量都非常強，尤其擅長頭球和遠射，在禁區內壓迫力極高，是個非常厲害的射手，但此人很奇怪，這輩子沒在大球會踢過，而且在職業生涯裡一直換隊，平均兩年換一支隊伍，博洛尼亞反而是他待得最久的一支球隊，待了三年，後來又回來一年，共四年。
這支博洛尼亞以巴喬為主力，展開了97/98賽季，而巴喬的加入令球迷又驚又喜，陷入瘋狂，他們沒有想到球隊會有這樣的天王加盟，當季球隊套票賣出三萬多張，打破隊史紀錄的兩萬七千多張。
在這支隊伍裡，巴喬打回他習慣的第二前鋒位置，更重要的是，這支球隊將前場的控制權完全交給他，他可以自行決定要長距離盤帶，或是在禁區裡盡情過人射門，而隊友的安德森也將頭球優勢全部投入在支援上，而不是自己得分，將空中球壓下來給巴喬射門，來自後方馮託蘭等人的長傳輸送球不是直接給巴喬就是傳給安德森再做給他，得到隊友全心支援的巴喬在聯賽中大發神威，該季總共攻進22球，運動戰10球，點球11球，定位球1球，這是他生涯中單季進球最多的賽季，誰也想不到會是在博洛尼亞發生的。
而博洛尼亞在97/98賽季上半季雖有些掙扎，但出現大量的平局，爭取了不少分數，下半季瘋狂爆發，取得9勝，甚至打出9輪不敗的成績，戰績最終為12勝12平10敗，聯賽排名第。
而巴喬攻入22球，最終在射手榜上排名第三，輸給了比埃爾霍夫與羅納爾多，但是他已是義大利本土的第一射手。
當時在96年歐洲盃結束後接任國家隊教練的馬爾蒂尼，也就是米蘭馬爾蒂尼的老爸，是個明理人，巴喬在97年的好狀態他是看在眼裡的，他很清楚這種人不能不帶，於是他從97年開始便再度向巴喬發出國家隊徵召，巴喬在世界盃預選賽對波蘭的賽事裡出場，並且攻入進球。
到了98世界盃前夕，要決定國家代表名單時，巴喬已是本土第一射手，老馬迪尼自然會將他帶上，這時落選的反而是Zola，1998年世界盃預選賽成為了Zola最後的國家隊絕唱。
但是據說老馬迪尼跟巴喬有講明瞭，他不是王牌，國家隊影子前鋒的位置會以Del Piero為主，這時的義大利國家隊，已經將10號球衣交給了皮耶羅，巴喬僅能穿上18號球衣，對巴喬來說，他也很清楚自己已不可能再成為10號主將，但他依然接受了徵召，能夠披上藍衫軍戰袍，是他心中最高的榮耀，於是，巴喬在1998年夏天，第三度與義大利國家代表隊，一同出發前往法國。
