克羅恩病患者也常發生肛周病變，可表現為肛門失禁、排膿性分泌物、排便疼痛及肛門瘙癢等症狀。檢查時可見肛周面板浸漬、糜爛，大的痔瘡性皮贅、肛裂、肛瘻、肛門狹窄或肛周膿腫等。

約1/3的克羅恩病患者可能出現肛周病變，尤其是結腸病變者，但一般需追問病史才能發現。有時往往是克羅恩病的最早表現。

如未認識到因克羅恩病所致，而行手術治療，可引起區域性癒合不良。肛門直腸瘻往往是克羅恩病結腸炎的最早症狀，但並非所有肛瘻患者行內鏡檢查時都可觀察到有明顯的結腸病變。

肛周克羅恩病的治療依病情的不同而不同，總的原則是以保守治療為主。

痔

克羅恩病患者的腸道黏膜較常人不同，更容易水腫、充血、糜爛，若做手術，傷口很可能不癒合，所以儘量採取栓劑納肛或中藥外洗等保守治療的方法來治療。如遇急症，比如出血、壞死等方可行手術治療。

肛裂

肛裂疼痛劇烈，但肛周克羅恩病之肛裂不要輕易手術， 最好中西藥聯用，內服外洗配合。如此治療，大多數患者都能有效。

肛瘻和肛周膿腫

由於體質的特殊性，一般克羅恩病患者的 肛瘻即便手術後，傷口也不易癒合，且肛瘻極易復發。一般都建議患者帶瘻生存或者病情緩解後行手術治療。膿腫則予以對症治療，消炎補液，必要時切開引流。

肛門狹窄

很多克羅恩病患者存在輕度的肛門狹窄，一方面長期慢性腹瀉，炎症刺激導致肛門狹窄，另一方面肛管潰瘍，瘢痕增生， 導致肛門狹窄。輕度肛門狹窄者，可用熱水或中藥（活血化瘀藥）坐浴以加強區域性血液迴圈，消炎消腫，軟化瘢痕，使症狀減輕；嚴重肛門狹窄者，可在區域性麻醉下行擴肛術，後用中藥坐浴。

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