李厚基原系皖系成員之一，與盧永祥的關係更為密切。臧致平原系駐滬混成旅長，北京政府調來援助龍濟光，任為廈門鎮守使，龍失敗後，調任汀漳鎮守使兼福建第二師師長。第二十四混成旅旅長王永泉原系徐樹錚所轄西北參戰軍，也因援龍調來福建。臧、王兩人都不是李的直接部屬，對李的態度頗為傲慢，李也視為眼中之釘，久想鋤而去之。直奉戰後，李竭力獻媚吳佩孚，以求保全位置。而吳也因“鞭長莫及”，收容了他，作為分化皖系和對付廣東的一個爪牙。李第一步逼走了臧致平，第二步又請北京政府調開王永泉，因此皖系罵他是忘恩負義之徒。

徐樹錚是李的中表親和豐沛同鄉。一九二一年春天，徐秘密來到福州，勸李必須與盧永祥忠誠合作，又託他代發致陳樹藩的一個密電。李收了電報並未照發，對徐的態度也很冷淡。一九二二年八月十八日，徐在上海函勸吳佩孚擁戴孫、段“二老”共謀統一，這當然是話不投機；又派人持函到福州有所商洽，李竟拒不接見，並且罵徐是興風作浪的政客。

王永泉與福建各地的反李武裝力量以及臧致平舊部都有聯絡，同時，在孫皖同盟的形勢下，與許崇智、黃大偉、李福林等部北伐軍也有聯絡。許崇智早年在福建帶過兵，與福建人士有著歷史淵源。福建民軍請北伐軍開進福建，幫助他們驅逐李厚基，而北伐軍被陳炯明部擊敗後，正在茫無出路，便決定由江西會昌向福建武平、上杭移動。一九二二年八月二十一日，北伐軍代表胡漢民由會昌到汀州轉赴延平，與王永泉接洽移防問題，雙方成立協定，北伐軍承認驅李後，福建問題交王全權主持。

北伐軍是陳炯明的敵人，吳佩孚也想撲滅孫中山的軍事力量，他們和李厚基聯合起來，商定三路圍攻計劃，吳派第十二師周蔭人部進攻會昌，陳派尹驥為“援閩”總指揮進駐潯鄔，李派第二混成旅旅長王獻臣（原系李的衛隊團長）由上杭、武平進駐桂坑，相約在筠門嶺會師。此時許崇智部共有五千餘人，有槍的還不到一半，黃大偉部僅有兩營人，李福林部僅有九百餘人。由於閩、贛、粵三省邊境軍隊雲集，不易透過，王永泉出主意叫許崇智先派陳國華一旅打著北軍第二十四旅的旗幟，由長汀混進連城、大田，然後大隊跟蹤前進。九月七日，許部按照這個計劃由瑞金出發，改道向北佔領寧化、建寧、泰寧、建陽、建甌等縣，沿途並未遇到抵抗。

九月二十六日，李接到王永泉勸他下野的電報。二十七日，急派駐省第十混成旅唐國謨部開往古田設防。二十八日，王來電否認發出這個電報，指為他人捏造，並稱已出兵收復建陽，北伐軍向泰寧及贛東退卻。李不信為真，除令唐旅防守水口保衛福州外，並令王獻臣旅聯合周蔭人、尹驥等部由筠門嶺沿瑞金、石城、廣昌一線包抄北伐軍的後路，並保薦王永泉為建安鎮守使以資籠絡。

在李厚基的黑暗統治下，福建民軍的聲勢日益浩大，宋淵源佔領永春、德化，盧興邦佔領尤溪、古田及閩清附近地區，楊汗烈佔領安溪、漳平、寧洋、長泰。李厚基升任臧致平舊部旅長高全忠為汀漳鎮守使兼代第二師師長，師部設在漳州。

十月二日，徐樹錚攜有八十萬元運動費，由浙江偷越仙霞嶺，投到延平王永泉的軍中，即日通電成立“建國軍政制置府”，自稱“總領建國軍政府制置事宜”，並宣誓“以至誠至敬尊奉合肥段上將軍祺瑞、中山孫先生文為領導國家根本人，何日見此二老共踐尊位，發號施令，樹錚即當束身司敗，俾聽質訊”。這個不倫不類的組織，是徐根據所著《建國詮真》一書設立的。三日，徐電勸李厚基辭職離閩，限於五日以前答覆。同日，王、許兩部決定聯合進攻福州，許部擔任左路由建甌進攻古田，王部擔任右路由樟湖坂進攻水口。戰事發動後，福州大為震動，李勒令商會籌餉五十萬元，福州銀行發生擠兌風潮，官吏眷屬紛紛避難離開福州。六日，許部北伐軍佔領古田後，會合王旅進攻水口，並派黃、李兩部由古田經大湖向福州推進，孫本戎旅由大湖向白沙推進，包抄水口後路並截斷水口、福州間的交通線。九日，李派他的表弟警務處長史廷揚率領留省部隊開赴水口增援。十二日，許、王兩部佔領水口，唐國謨旅向福安、閩清方面敗走。同時，李（福林）、黃（大偉）兩部乘虛由甘源裡進至洪山橋，李（厚基）只得自己帶領衛隊前往迎敵，當他退守南臺倉前山時，海軍突然發炮勒令繳械，隨即把他軟禁於馬尾海容軍艦上，逼迫他交出幾年來在福建搜刮的造孽錢贖命。

十三日，史廷揚從白沙敗退下來，曾向福州城發動反攻，李、黃兩部倉皇退走。不料孫本戎部由白沙跟蹤趕到，史部三千餘人因後路被截斷，只得繳械投降。