鯊魚的骨骼不含硬骨而單由軟骨構成，但是軟骨可能含有鈣質而獲得相當大的硬度。骨骼主要有主軸骨骼（axial skeleton）和附肢骨骼（appendiculae skeleton）兩部分，前者包括頭骨、脊柱和肋骨：後者包括肩帶、腰帶和鰭骨。研究魚類的演化、分類及肌肉系統等必須有骨骼的基礎知識。頭骨（skull）：和所有其他高等脊椎動物一樣，和圓口綱不同，鯊魚的頭骨由腦顱（neurocranium）和咽（splachnocranium）兩部分構成。

（1）腦顱包括顱骨、感覺器官囊（聽軟骨囊與嗅軟骨囊）以及吻骨。顱骨與圓口綱的不同，它已比較完全地包圍了腦和成對的感覺器官：聽覺、視覺、嗅覺等器官。整個頭蓋都是軟骨的，僅在其前部有一孔，稱為滷門。還有枕骨部在後面保護著腦，枕骨部上有枕骨孔（foramen occipitale），腦即透過該孔與脊髓相連。由於枕骨部的發達，第九、第十對腦神經就包括在頭骨內了。聽軟骨囊完全包在頭骨的側壁內，眼球在腦顱側壁的深凹——眼窩內，因此眼球的上方和兩側都是有保護的；一對嗅軟骨囊與顱骨前半部牢牢地癒合在一起。吻由三根棒狀軟骨構成，這些軟骨由顱骨向前伸出，彼此以尖端相連。

（2）咽顱由包圍著消化管前端的許多對軟骨弓構成，從側面看，這些軟骨弓呈弓形（也有人稱弧形），這也是其得名的原因，其可分為頜弓、舌弓及鰓弓三部分。①頜弓（mandibular arcb）：它分上，下頜骨兩部分，兩者表面都附有鋪石狀的牙齒。其中上面一對稱顎方軟骨（palatoquadrate c。，c。是cartilage的縮寫），下面一對稱米克爾氏軟骨（Meckel‘s cartilage）。頜弓的特點是這兩對軟骨無論是左右還是上下間都是彼此有韌帶或關節突相連的，此外在長下領骨的前外側各附有一對細條狀的唇軟骨（labial cartilage）是支援上下唇褶的軟骨，上唇褶的一對稍大，兩者由結篩組織相連呈L形。

②舌弓（hyoid arch）：舌弓通常由兩對軟骨和一塊軟骨（共5塊）構成，舌弓後緣也有軟骨條伸出。舌頜軟管（hyomandibular c。）位於背側面，背端與眶後突和耳囊外緣凹窩相關節，腹面由韌帶與米克爾氏軟骨相接，形成了典型的舌接型頭骨。其後緣附有4~5條鰓條軟骨（branchial rays）。角舌軟骨（ceratobranchial c。）介於舌頜軟骨和其舌軟骨之間的一對弓形，其後也有棒狀軟骨即4~5條鰓條軟骨。基舌軟骨（basihyal c。）是位於腹面正中央的一塊三角形扁平骨，兩側與角舌軟骨相關節，這是支援舌的軟骨。

③鰓弓（branchial arch）：鰓弓共有5對，前三對均由左右兩側成對的8塊軟骨所組成；後2對稍有變異，由背至腹為：咽鰓軟骨（pharyngobranchial c。）、上鰓軟骨（epibranchial c。）、角鰓軟骨（ceratobranchial c。）、下鰓軟骨（hypobranchialc。）和基鰓軟骨（basibranchia lc。）。第4、5對角她軟骨直接和它相關節。在第一到第五對能弓所附鰓間隔都有外鰓軟骨（extrabranchial）支援。

（3）腦顱與咽顱的懸系方式：頭骨的這兩大組成部分，腦顱是用來包藏腦和嗅、視、聽等感覺器官的，咽顱是組成攝食、呼吸器官及通道的載體，兩者發生緊密而牢固的連線才能在捕食、呼吸和各種生命活動中發揮最大的效能。由於魚類種類繁多，生活方式複雜，所以兩者的懸系方式也變化多端，但主要有以下幾種：①自接式（autostyly）或全接式（holostyly）；②舌接式（hyostyly）。其中又可分三亞型。①雙接亞型（Amphistyly）；②舌接亞型（Hyostyly）；③後舌接亞型（Metahyostyly）。