庚子之變後，慈禧太后意識到如果再不進行變革，國家就無可挽救了。之前她曾極力反對戊戌維新，可眼下這個光景，只有順從民意、官意推行新政才能維護她的統治威望。儘管新政實行的時間不長，卻是中國政治發展史上具有時代變革意義的重要事件，對隨後建立的民國制度產生了深遠的影響。
清末新政最主要的內容是改革官制，光緒三十二年，是中央官制改動較大的一年，這一年是丙午年，所以又有“丙午改制”之稱。此次變革力度之大前所未有，中央部院機構職能發生重大變化，涉及的部門有：
總理各國事務衙門改為外務部；戶部改為度支部；太常寺、光祿寺、鴻臚寺併入禮部；兵部改為陸軍部，將太僕寺及練兵處併入；刑部改為法部；大理寺改為大理院；巡警部擴增為民政部；商部改為農工商部；裁工部，將工部職掌分置於農工商部、度支部、民政部；理藩院改為理藩部；增設郵傳部。
新設之部，在尚書、侍郎與諸司之間增設承政廳、參議廳，分別設正三品的左丞、右丞，正四品的左參議、右參議，協助尚書侍郎辦理部務，這也是各部的一項重要改革措施。
以上是清末時期實行新官制的一個大體介紹，下面就其重要部門及其官制作一個較為詳細的說明。
1，外務部
由總理各國事務衙門改設。總理各國事務衙門設於咸豐十年十二月（1861年），其職能是綜辦洋務，諸如與外國的交往、通商、關稅、邊界、定約、宗教事務，以及興辦洋務企業、海陸邊防、購置建造武器艦船，培養洋務人才、派遣留學生等。
總理衙門由總理各國事務王、大臣主掌，以總辦章京、幫辦章京協辦庶務。下設司務廳、清檔房、電報處，辦理公文、雜務。分設英國、法國、俄國、美國股及海防股，這五股機構分辦各國事務。其中電報處是光緒十年開設電報後增設，此後，皇帝釋出的諭旨，以及駐外國的出使大臣、直省督撫、將軍、都統、欽差大臣等遇有緊要公事，需電報奏聞皇帝，都有電報處辦理。
光緒二十七年總理衙門改為外務部後，班列六部之上。以下介紹與總理衙門以及外務部相關的機構或官員。
⑴同文館，設於統治元年，是培養外語、洋務人才的學校。先後設英文、法文、俄文、德文前館、後館，五年後添設天文算學、化學、格致、醫學等館，光緒二十二年又增設東文館（日文）。同文館設管理大臣、提調及總教習、洋教習、漢教習。光緒二十七年十二月，同文館併入京師大學堂。
⑵儲才館，光緒三十二年設，直轄於外務部堂官，專門培養辦理外務人才，以備呼叫。設提調，聘講員，以歐洲專家充任，開設講習、調查、翻譯、評議、撰擬、編輯等課程。
⑶總稅務司，是任用洋人掌管全國洋關稅徵收的機構，咸豐年間設於上海，同治二年遷到北京。總稅務司監管各洋關行政、職員之任免等人事及有關航運事務，帶管郵政。設總稅務司一人，始終以英國人擔任，第二任赫德任此職達四十餘年。
總稅務司名義上先後隸屬總理衙門、外務部、稅務處，實具有獨立性。下設總務科、機要科、統計科、漢文科、銓敘科、造冊處等分辦事務，並於倫敦設駐外辦事處，於北京設內債基金處。
⑷南北洋通商大臣，南洋通商大臣，簡稱南洋大臣，同治元年設，後來由兩江總督兼任，掌兩江及浙閩粵諸省中外交涉之事，及浙江、沿長江各洋關關道之事。北洋通商大臣簡稱北洋大臣。初設管理牛莊、天津、登州三口的通商事務大臣，同治九年裁撤，設北洋通商大臣管轄，由直隸總督兼任。北洋大臣掌北洋洋務、海防及津海關、東海關、山海關的海關事務及對外交涉之事。
⑸駐外使、領
駐外使館，始設於光緒元年，屬欽差之官，一般為三年更替，掌與所駐國及兼駐國的外交事務，並負有考察採訪之責，將所駐國之政情、經濟、軍事等情況轉達總理衙門或後來的外務部。
出使大臣分為三等，一等為因事派遣。常駐使臣均為二等、三等。初設有副使，光緒七年以後逐漸裁撤，所駐國家有英、法、俄、美、德、日等十幾國。
駐外領事館，設於光緒三年，駐某國某城，以保護華僑並稽查約束其勞務、貿易等活動。受所駐使臣監管。宣統元年以後，領事兼有調查所駐國工商業等情況之責，並轉告國內。領事分總領事、正領事、副領事。
2，度支部
光緒三十二年由戶部改設。綜理全國各項財政收入、支出及倉儲、公債、貨幣、銀行等事務，相關機構如下：
⑴清理財政處。光緒三十四年度支部奏設，掌調查全國收支確數、編定經費新章則及全國之預算、決算等事。設提調、幫提調、總辦、幫辦，下設十二科，分別核辦各省區上報之財務。各省設清理財政局，掌清理各省財政，稽核並改革全省收支。每省局設總辦、會辦。度支部派正、副監理稽查該省清理財政局之事。
⑵稅務處。光緒三十二年設，總掌全國稅務。設督辦大臣、會辦大臣、提調。下設四股，每股置總辦、幫辦，分管各類稅務。
⑶督辦鹽政處——鹽政院。督辦鹽政處，宣統元年設，總掌全國鹽務，置督辦鹽政大臣。各產鹽省的督撫授為會辦鹽政大臣，行鹽省份的督撫兼會辦鹽政大臣銜。宣統三年八月改為鹽政院，取消督撫所兼會辦鹽政大臣職銜。
3，典禮院
宣統三年六月由禮部改設。僅掌朝廷、京師廟壇、陵寢等典儀禮樂，禮部原管其他各事項歸民政部、學部、理藩院等機構。設掌院大學士、副掌院學士、學士、直學士。分設四署，各置署長分管各項事務。
4，學部
光緒三十一年設，並將國子監併入，總掌全國教育。下設五司：總務、專門、普通、實業、會計司，分掌大學堂、高等學堂、各級師範學堂、中學堂、小學堂及農業學堂、工業學堂、商業學堂等各種實業學堂的教務，以及編譯圖書、圖書館事務、與教育有關的財務等。還設視學官十餘人，巡視京城及地方學務。
5，陸軍部
光緒三十二年由兵部改設。總轄全國陸軍軍隊，掌軍官的選任升調，以及軍事學堂教育、武器軍械製造等事。下設十司分辦諸務，這十司是軍衡司、軍計司、軍制司、軍實司、軍學司、軍乘司、軍需司、軍牧司、軍法司、軍醫司，分掌軍官之選補、考核獎懲，兵士編練、兵種組編與徵調，武器軍裝之製作、儲用，陸軍各學堂教育、官兵操練，驛站及物質供應等事。
陸軍部設官，原兵部之司員、筆帖式與陸軍人員並用。宣統二年，改陸軍部尚書為大臣、侍郎為副大臣。兼管八旗、綠營、防軍官員之升調獎恤等事。宣統三年，陸軍部改設陸軍大臣、陸軍副大臣，並改設諸司等機構，以陸軍部大臣為陸軍正都統，副陸軍大臣為陸軍副都統。各職司以陸軍官、佐充任。
6，海軍部、海軍處
海軍處設於光緒三十二年，清廷以擬設海軍部發展海軍，先設海軍處，管理全國海軍事務，設正使、副使，暫隸屬陸軍部。宣統元年設籌辦海軍事務處，置籌辦海軍大臣。二年，改為海軍部，確定其內部機構。海軍部設海軍大臣一人，品級同尚書，都統銜。海軍副大臣一人，品級同侍郎，副都統銜。總辦全國海軍事務。
7，法部
光緒三十二年由刑部改設，專掌全國司法行政事務，原審理刑案之職劃歸大理院，而由法部監督稽核大理院、各省執法司、各審判廳之執法判案。改原刑部以省分司之舊制為以事分司，設審錄、制勘、編制、等八司，稽核諸省刑案。
8，大理院
光緒三十二年由大理寺改設，為全國最高專司審判衙門，設正卿、少卿。審擬各高等審判廳判結不服而上控的案件、重大案件之詳議、平反及特旨交審案件等。大理院可於各省設大理分院，共同會審案件。
9，商部，農工商部
商部設於光緒二十九年，統掌全國商務政令及鐵路、礦務、工藝與某些農事。光緒三十二年將工部併入商部，改為農工商部。工部原職掌之水利工程、船政、礦冶、山澤之材及度量權衡等劃歸農工商部。另掌農業、林業、桑蠶、茶、水產、畜牧、水利工程、工藝製造、鐵路、輪船、郵電、商業、銀行等事。
10，郵傳部
光緒三十二年新設之部，專掌鐵路、輪船及郵、電等事務，下分船政司、路政司、郵政司、電政司分掌其事。郵傳部於堂官及兩廳、司官之外，還設議員及顧問官，以官員、紳商及在輪船、鐵路、郵電方面素有經驗者充任，兼用洋人。
11，巡警部、民政部
光緒二十八年、三十一年曾先後於京城設立內城工巡局、外城工巡局，三十一年九月設巡警部，納入工巡局事務，改兩工巡局為內外城巡警總廳。巡警部掌全國巡警及相關之戶籍、治安、衛生等事務。三十二年九月改為民政部，並擴大其職能，總掌全國民政、警務等方面事務。
清末實行的官制幾乎將中央各部徹底地進行了一次改頭換面，傳統的六部不復存在，取而代之的是具有近代意義的機構和官制。但以上所述的並非是官制改革的全部，其後實行的預備立憲時，又先後設立了考察政治館、資政院、責任內閣、弼德院等機構。