從1867年至1877年，共和黨人掌控的國會支配了南方重建的程序。根據《重建法案》，南方五大軍事區的將軍級司令官對大約700，000名黑人和660，000白人進行了登記註冊，以投票選舉憲法大會的代表。白人選民包括宣過誓效忠聯邦的南方人及居住在南方被稱為“carpetbaggers”（指美國內戰後利用南方動盪局勢而謀利）的北方人，他們遷居南方，參與了南方的重建。
重建政府
在1867至1868年間，黑人代表和白人代表會集於州憲法大會上，為他們的州制定了新的憲法。所有的州憲法都須遵從國會的要求，即不準在投票問題上加以種族規定。還廢除了投票在財產上的限定，從而賦予了大量白人窮人和黑人一樣的投票權。新的重建計劃首次將普及公共教育引進了南方，並提供了全新的社會福利專案。這些州憲法遭到了大多數南方人的攻擊，主要原因在於那些憲法有黑人參與制定。許多南方白人還對交稅資建學校、醫院、孤兒院及其它社會福利機構極為憤懣，尤其因為黑人也將分享使用這些設施。
許多南方白人指責白人和黑人共享的政府腐敗而缺乏效率。他們將這些罪過視為解放黑人所造成的後果。他們把高稅收歸咎於黑人，聲稱黑人競選公職是對政府的嘲弄。比如州長貪汙或立法者出高薪和奢侈品僱人給自己投票等現象已經司空見慣。不過內戰之後，新政府的反對派往往忽視了可加以利用來對付新政府的那些實質性的問題。
重建被摧毀的橋樑、工廠和鐵路，為白人和黑人建立公共學校體系，以及為已獲得自由的黑人提供公共醫院和福利機構等等這一切須耗費大量的資金。而資金的主要來源就是稅收。因此不管黑人有沒有參與政府管理，都得增加並提高稅收。此外，在開始投票和擔任公職時，儘管黑人一般目不識丁及缺乏經驗，但他們中許多人付出了巨大努力來了解政治、理解他們的責任。南方的大多數黑人公職人員都認真負責地工作。然而在那段時期，情感上的氛圍卻阻礙了痛苦的南方白人來認識到這一事實。
白人恢復至高地位
在國會透過法律手段對南方進行重建的那段時期，一些南方州企圖反對這些已制定好的措施。1867年最高法院作出了兩項裁決，宣佈州和聯邦之間涉及對被佔領的前聯盟州的效忠誓言無效，受此鼓舞，南方州的諸州長就在法院抗議《重建法案》。然在1869年，最高法院在德克薩斯州訴白人案中宣告：國會的首要責任在於重建南方州，從而粉碎了某些白人的企圖。因深感痛苦和失望，一些南方人就訴諸“暴力”，企圖將他們的州從國會的重建計劃中拯救出來。剛獲得自由的黑人堅決捍衛他們的權利，而成立於1866年的三K黨（Ku Klux Klan）則要阻止他們那麼做。三K黨不但折磨或殺害投票的黑人，且用同樣的手段對付敢於和自由黑人合作的白人。1869年，國會通過了又一條憲法修正案，以對付南方人的抵制行為。在力圖肯定黑人的投票權方面，第十五條修正案比第十四條修正案要更進一步。在1870年和1871年，頒佈了兩部抵抗三K黨的法案，那兩部法案透過建立聯邦選舉監督機構以保護黑人選民。其中第二部法案准許總統有權在三K黨從事非法活動的地區宣佈戒嚴令。但後來經最高法院裁決，認定這兩部法案的部分內容違憲。
但到了十九世紀七十年代，國會重建南方的影響開始式微。隨著那十年的開啟，幾乎所有的南方州都恢復到了平民掌控的局面，但其中只有弗吉尼亞州的各級政府處於所謂的激進的共和黨人或外來政客的控制之下。到了1877年，南方除了三個州外，其餘的州都回到了由傳統的民主黨掌權的時代。不過在很多州，黑人仍參與選舉並擔任公職，從而證明了一些南方人對於建立一個半種族歧視的社會的興趣。
1876年的總統大選標誌著北方致力於南方重建行動之結束。那次大選形成了共和黨人魯瑟福德B黑斯和民主黨人塞繆爾梯爾登的相持局面，原因在於雙方都要求調查南卡羅萊那州、佛羅里達州、路易斯安那州及俄亥俄州等州的選民的選票。聯邦政府就指定一個國會委員會對選舉進行調查，最終以8比7的投票（嚴格按照黨的路線），裁決出黑斯贏得大選。許多在參眾兩院中的民主黨議員便發出威脅，要阻撓黑斯當選，但當國會中的南方民主黨人顯然不予支援時，他們就放棄了這麼做。
南方民主黨人支援黑斯，原因在於他們和共和黨領導人達成的一項協議，即共和黨方面曾提及，作為對支援黑斯當選的回報，南方可獲得聯邦政府的津貼以資建南方未建成的鐵路線，並從南方撤出聯邦軍隊。黑斯上任後不久，他便下令駐守在南方的所剩無幾的聯邦軍隊撤離。聯邦的重建南方的正式行動至此結束，隨之破滅的還有讓許多黑人完全分享南方社會政治生活的希望。
關於對南方重建問題的闡釋
自從重建南方以來的那些年裡，在涉及力圖成功地讓南方統一於聯邦的問題上，歷史學家持以形形色色的觀點。一些人認為南方重建趨於失敗，因為自由的黑人在缺乏經驗的情況下，就被推向了政治地位，這使得白人有理由對黑人擔任公職加以抵制，另一些人認為南方重建（試圖建立一個基於黑人和白人政治平等的南方社會）乃是一場高尚的本應該取得成功的嘗試，結果卻加深了白人的偏見。考慮到當時存在著諸多幹撓及困難，所有的觀點可能都顯得過於輕率誇大。
【傳統的觀點】出生於南方，著名的歷史學家威廉阿契巴德鄧寧認為黑人要完全融入南方社會生活，不可能在重建時期就能實現，而得花上更長的時間。他認為林肯和約翰遜基於公正和公平，為恢復南北聯合所作出的努力，遭到了國會中共和黨領導人的反對，他們決意要對南方施以嚴厲的報復性的懲罰。
鄧寧聲稱許多“極端分子”，比如查爾斯薩姆納和薩德斯斯蒂芬等人縱容個人對南方的仇恨以影響他們的行為。他們鼓勵黑人投票，不是因為他們相信黑人有能力充當公民的角色，而是僅因為利用黑人投票以壓制老南方。針對黑人的法規（因帶有種族暗示而被廢除），曾實施於南方地區及黑人，那些黑人，正如鄧寧所指出的：雖然他們和白人處在同一個社會中，但在道德及文化方面，他們世世代代不可能和白人處於同一水平。如果沒有這些法規，腐敗就會在政府中蔓延滋長。
鄧寧聲稱正因為存在這些因素，南方白人才被迫起來反抗。像三K黨等組織就透過驅逐腐敗官員等手段以效力於南方社會。在鄧寧看來，所幸的是，在1876年大選之後，北方白人很快就意識到了讓黑人投票的這種愚蠢行為，他們恢復了讓南方白人重掌南方政府運作的職權。
內戰後另一位著名的歷史學家詹姆士福德羅德斯同意鄧寧的關於賦予黑人投票權是一場錯誤的觀點。他認為奸邪的南方白人和北方來的掮客為掠奪南方，欺騙並利用了愚昧的黑人。他指出有位掮客州長在其任職的第一年間就賺了十多萬，而他的年薪只有八千美元。1874年密西西比州的稅率要高出1869年的14倍，而國債則以每年664，000美元的比率在增加。
透過對南方重建的研究，羅德斯從而得出結論，他認為南方人反對國會針對南方的政策的做法是正確的。這些政策給南方留下了兩方面的禍患：第一個方面，照羅德斯的話說，“政府愈益腐敗，行政管理越發明顯地趨向糟糕”；第二個方面，在絕大多數南方人的頭腦中，把共和黨認定為一個黑人管理的政黨。隨著民主黨開始支援白人優越這一思想，遂在南方產生了一黨制。
【反傳統的觀點】鄧寧的關於南方重建的觀點遭到了幾位歷史學家的反對，他們認為南方並沒有像傳統的學者所聲稱的那樣受到惡劣的對待。一位叫W。E。B。迪布瓦的黑人歷史學家認為還在重建時期，南方州的政府就已存在貪汙腐敗的現象，黑人普遍地渴望讓自己及他們的孩子受到教育，並反對暴力、貪汙及腐敗，這些在重建初期就已成為南方社會的特徵。根據迪布瓦的觀點，黑人與南方贊成改革的其它社團一道推動了南方的三大主要方面的發展——民主政府、免費的公立學校及全新的社會立法。
迪布瓦和其他反傳統的歷史學家主張：必須在國家政治的大環境下來看待南方的重建，而不能僅僅看它對南方所造成的某些影響。他們認為國會並不想讓南方的黑人完全平等。在南方的絕大多數州普遍存在著種族隔絕及限制黑人投票的現象。當時，那些鐵路公司從國會那裡獲得了成千上萬英畝的國家的土地，但國會卻沒給南方的自由黑人提供土地耕作，好讓他們實現應當的經濟獨立。這些修正主義的歷史學家把約翰遜與國會之間的鬥爭，與其看作是國會為幫助黑人而所做的一番努力，更將它視為一場權力之爭。
反傳統的歷史學家認為重建時期南方政府的腐敗，乃因政府的快速發展而產生的問題。因迫切需要儘可能快地建起學校、醫院及其它福利機構，並安排好人員配置，以致讓一些腐敗分子鑽進了某些政府部門，而在那些部門裡則缺乏充分地監管。不過這類問題並不僅在南方地區存在。正如歷史學家所指出的，腐敗乃為戰後北方（尤其在格蘭特總統執政時期）的突出問題。比如動產信貸公司醜聞，牽涉到副總統凱斯勒科爾法克斯及幾位國會議員濫用政治勢力；威士忌林的醜聞，牽涉了格蘭特的私人秘書及其他高官騙取國家鉅額資金。僅這兩起案例就暴露了聯邦政府的腐敗。
鄧寧認為未受過教育的黑人在重建時期控制了南方政府，這一觀點也遭到了歷史學家肯尼思史坦普的反對。史坦普在研究中發現黑人僅在一個州的議會中佔了絕大多數。在來自南方的國會議員中，黑人只有十四名眾議員和兩名參議員。透過對黑人的政治目標的分析，史坦普強調了他們的穩健性。
＂黑人在行使他們的政治權力及對待國內白人的問題上，極少懷以惡意。誠然，在黑人和白人之間存在著諸多衝突摩擦，且黑人民兵有時也會不受服從，尋釁滋事，不過在北方州，任何一位肩負著責任的黑人領導人及諸多黑人社團，都不存有將政治權力完全掌握在黑人手中的企圖，他們所要求的就是平等的政治權利及法律面前人人平等。”