所謂“索隱派”，是盛行於清末民初的一個《紅樓夢》研究派別。王夢阮、沈瓶庵所撰的《紅樓夢索隱》、蔡元培的《石頭記索隱》、鄧狂言的《紅樓夢釋真》，就是他們的代表作。索隱派和評點派，構成了清末民初《紅樓夢》研究的兩大派別。有些人兼跨兩派，出入於評點和索隱之間。兩派之間，又以索隱派的勢力為大，影響也比較深遠。時至今日，索隱派的影響仍未消失，可以說是不絕如縷，後繼有人。索隱派的工作，一是尋求作者的立意，揣摩《紅樓夢》的微言大義。他們不相信，這麼一部偉大的作品，只是在言情，只是在描述閨閣中事；作者一定另有寄託。
在索隱派的眼睛裡，《紅樓夢》只是一個巨大的寓言，或者打一個現代的比喻，是一本密電碼。索隱派給自己規定的神聖的使命就是要揭示這個寓言的真意，就是要破譯這個巨大的密電碼。平心而論，索隱派的動機並不壞。他們中的多數人，還是喜歡、欽佩《紅樓夢》的，有些人還喜歡得要命，欽佩得五體投地。他們對《紅樓夢》的見解，也不是毫無可取之處。尋找人物的本事、故事的來歷，類似於今日探求小說的人物原型、情節素材；探索作者的立意，近似於今天研究作者的創作意圖。可是，索隱派的思想方法都極主觀，所以他們辛辛苦苦、絞盡腦汁之後，卻得到很差的工作成績。人們給予索隱派的評語是：捕風捉影，牽強附會，走火入魔，匪夷所思。
索隱派的名聲是被他們自己搞壞的。他們那種主觀比附的思想方法必然帶來結論的隨意性。而隨意性是與科學無緣的，科學感興趣的是隱藏在紛紜萬狀背後的必然性。那種令人一日瞭然的隨意性，使人們無法認真看待索隱派的勞動成果。而索隱派的蜂擁而上，風頭一時，使他們的隨意性急劇膨脹、暴露無遺，結果當然是自己把自己打倒。
前期的索隱派側重尋找隱藏在《紅樓夢》背後的本事。有人說，《紅樓夢》是影射康熙年間內閣大學士明珠家的事（陳康祺《燕下鄉脞錄》）；有人說，《紅樓夢》寫的是乾隆年間內閣大學士和珅家（《譚瀛室筆記》）。於是，康熙年間又一變而為乾隆年間，明珠變成了和珅。《紅樓夢》中寫賈家由盛而衰，由烈火烹油，鮮花著錦變為抄家破敗，而明珠、和珅兩家，也都是由權傾朝野、炙手可熱，一下子抄家敗落、萬人唾罵，這或許就是索隱派產生聯想的主要依據吧。《燕下鄉脞錄》中說：“金釵十二，皆納蘭侍御所奉為上客者也。”這裡寶玉指納蘭性德，十二金釵指的都是男性。到了《譚瀛室筆記》，十二金釵又恢復女性的身份：“和珅秉政時，內寵甚多，自妻以下，內嬖如夫人者二十四人，即《紅樓夢》所指正副十二釵是也。”
納蘭性德的十二上客，一下子變為和珅的二十四內寵。二十四是十二的兩倍，怎麼辦呢？正好太虛幻境中金陵十二釵還有副冊。和珅的內寵恰好是二十四，正是在巧沒有。如果超過二十四呢？想來問題也不太大不妨從“又副冊”中再拉入幾位，填平補齊。除了明珠家事說、和珅家事說之外，又有傅恆家事說、金陵張侯家事說。前期索隱派最重要的著作是王夢阮、沈瓶庵的《紅樓夢索隱》。這部數十萬字的索隱派代表作初版於民國五年（1916），以後一版再版，產生了轟動效應。作者的口氣極為自信，鉤沉索隱，儼然以《紅樓夢》的知音、解人自居。
作者認為：“然則書中果記何人何事乎？請試言之。蓋嘗聞之京師故老雲，是書全為清世祖與董鄂妃而作，兼及當時諸名王奇女也。相傳世祖臨宇十八年，是未崩殂，因所眷董鄂妃卒，悼傷過甚，遁跡五臺不返，卒以成佛。當時諱言其事，故為發喪。世傳世祖臨終罪己詔，實即駕崩五臺諸臣勸歸不返時所作。語語罪己，其懺悔之意深矣。”而這位董鄂妃據說就是秦淮名妓董小宛。董小宛分明是冒闢疆的妾，她又如何搖身一變，成為順治皇帝的寵妃呢？於是，索隱派的專家照例地發揮他那無拘無束的想象力，來解決這道難題：“至於董妃，實以漢人冒滿姓，因漢人無入選之例，故偽稱內大臣鄂碩女，姓董鄂氏，若妃之為滿人者，實則皆知秦淮名放董小宛。
小宛侍如泉闢疆冒公子九年，雅相愛重，適大兵下江南，闢疆舉室避兵於浙之鹽百。小宛豔名夙熾，為豫王所用，意在必得，闢疆幾瀕於危，小宛知不免，乃以計全闢疆使歸，身隨王北行。後經世祖納之宮中，寵之專房。廢后立後時，意本在妃，皇太后以妃出身賤，持不可，諸王亦尼之，遂不得為後。封貴妃，頒恩赦，曠典也。妃不得志，乃怏怏死。世祖痛妃切，至落髮為僧，去之五臺不返。誠前古未有之奇事，史不敢書，此《紅樓夢》一書所由作也。”
雖然“史不敢書”，但索隱派卻不乏杜撰歷史的勇氣。於是，又招來真正的史學家的反駁。明清史專家孟森特意撰文《董小宛考》，駁斥了董鄂妃即董小宛的杜撰。孟文指出，董小宛二十八歲時死去，是年為順治八年，當時順治皇帝年僅十四歲。索隱家把《紅樓夢》拉進一段杜撰的“歷史”之中，史學家透過史學的考證使《紅樓夢》擺脫杜撰的“歷史”，將《紅樓夢》還給文學。
後期索隱派以探求《紅樓夢》作者的立意為目的。蔡元培的《石頭記索隱》、鄧狂言的《紅樓夢釋真》是其代表作。蔡元培認為“《石頭記》者，清康熙朝政治小說也”。認為作者懷抱民族意識，“吊明之亡，據清之失，而尤於漢族名士仕清者寓痛惜之意”。按照蔡氏的索隱，十二金釵無一不是當時的著名文人。例如林黛玉即影射朱彝尊，薛寶釵即影射高江村，而賈寶玉則影射康熙的太子胤礽。據說：“書中女人皆指漢人，男人皆指滿人”，真是讓人啼笑皆非。在蔡氏的眼裡，《紅樓夢》中無處不在談政治，於是便有如下的怪論奇文：“書中紅字，多影朱字，朱者明也，漢也”，“寶玉有愛紅之癖，言以滿人而愛漢族文化也。好吃人口上胭脂，言拾漢人唾餘也”！與蔡元培一樣，鄧狂言也把《紅樓夢》看作一部影射政治的小說。但是，他索隱得出的結果又與蔡氏大不相同，充分體現出索隱派想象的自由。
蔡氏說寶玉影射康熙的太子胤礽，而鄧狂言則說“寶玉固指順治，然曹氏則指乾隆”。如此，寶玉一身而二任，影射的任務更加重了。蔡氏說黛玉是影射朱彝尊，“絳珠影其氏也，居瀟湘館影其竹垞之號也。竹垞生於秀水，故絳珠草長於靈河岸上”。鄧氏則說黛玉是指童鄂妃，好像是同意《紅樓夢索隱》的看法。忽而他又似乎忘記了黛玉影射董妃的說法，又指黛玉為皇后富察氏。不會兒，他又若無其事地將黛玉指為方苞：“林黛玉之以朝臣魂之，混之以方苞也。苞也，靈皋也；絳珠，仙草也；甘露也，淚也。一而二，二而一也。”看來，只要掌握了拆字猜謎的方法，就能一通百通，無往而不利了。
索隱派個個以指點迷津、解人痴夢的導師自居，然而，在今人看來，索隱派不知小說為何物，自已坐在夢裡；津津為人解夢，真所謂“丞相非在夢中，君乃在夢中耳”！