對於災異的認識，班固和司馬遷有著較為明顯的差別。與司馬遷充滿自然主義的理解不同，班固《漢書》對災異的闡釋體現出濃郁的神秘主義色彩，這集中體現在《五行志》中。翻檢《漢書
·五行志》，自然災異預示國家治亂諸如此類的例子比比皆是
。
比如，對於史籍中記載的
“史記秦二世元年，天無雲而雷”，班固贊同劉向的說法，認為“雷當託於雲，
猶君
託於臣”，這才是陰陽和諧之道。秦二世不知體恤天下萬民，老百姓皆有怨望叛逆之心。這一年，陳勝發難，趙高作亂，秦就此滅亡。可見，“天無雲而雷”也是陰陽變亂、亡國之徵。總之，異常天象和自然災異乃是人事災難的徵兆。
《漢書
·續傳》是班固撰寫漢書的自序，在《續傳下》中，班固講到了撰寫《五行志》的初衷：班固作《五行志》的目的，乃是將其作為“告往知來”的歷史借鑑，其目的是為“王事”服務。這就和司馬遷“究天人之際，通古今之變，成一家之言”的寫作旨趣大相徑庭了。
唐代史學家劉知己也認為，
“
斯志之
作也，本欲明吉凶，釋休咎，懲惡勸善，以誡將來”，班固寫《五行志》，就是為了闡釋吉凶之道，以此懲惡勸善，讓人引以為戒。但《五行志》行文多有“穿鑿成文，強生異義”之處，“無足觀採”，沒有太大的閱讀價值。
施丁認為，班固的五行志是運用
“陰陽五行說”，將“自然災異、儒家經典、社會政治攪拌在一起，予以唯心主義的解釋。”並認為，《五行志》是班固“唯心史觀的大暴露”。這種認識不能說完全沒有道理，但如果我們認真審視一下馬班二人所處的時代及生存背景，以及馬班二人各自的學術個性、學術使命，或許可以減緩一下這種批評的嚴厲程度。
司馬遷作《史記》是要探究天人關係和人類歷史興衰更迭的規律，以成
“一家之言”
，
這是他的撰史主題。班固作《漢書》則是要
“綜其行事
，
旁貫五經
，
上下洽通
”。要把西漢一代的事情進行有序的整理
，
並用
“五經”的經義和道理將上下二百年的歷史加以融會貫通，以此來鞏固皇朝統治。不同的學術使命也帶來了二人不同的學術個性與風格。章學誠說
：
“遷書通變化
，
而班氏守繩墨。
”“遷書體園而用神
，
班書體方而用智。
”這是十分中肯的評價。
司馬遷生活的時代
，
屬於西漢初期，儘管漢王朝已經統治天下六七十年，但反思亡秦教訓，仍然是縈繞在當時思想界的一大主題。秦王朝曾經那樣強大彪悍
，
為什麼卻二世而亡，如此短命
？
這個問題既是理論問題
，
也是現實問題。代秦而立的漢王朝今後的歷史走向如何？應怎樣發展
？
如何避免重蹈亡秦之覆轍？這些問題的出現是很自然的。司馬遷的《史記》就誕生在這樣的社會思想文化背景之下
，
這樣的時代背景客觀上要求司馬遷必須要回答這些問題，所以司馬遷要
“通古今之變”，這是他撰寫《史記》的重要目的之一。
與司馬遷相比，班固生活的時期已經大不相同了。這時已經是東漢前期轉入中期的時候了。從西漢武帝
“罷黜百家，表彰六經”開始，皇權對思想文化領域的干預和控制開始逐步增強，至東漢章帝建初四年白虎觀會議
，
儒學基本完成了經學化的程序。以官方意識形態面貌出現的
“經學”，是一門十分特殊的學問。
誠如李振宏先生指出的那樣，學術的本質應該是批判性思維，強調對傳統認識的批判與思維。但中國古代社會的
“經學”，最大的特點卻是它不可置疑的“權威性”、“神聖性”和“非批判性”。從現代的學術定義出發，“經學”獲得的是“一種非學術性的屬性”。
班固參加了標誌著儒學經學化程序基本完成的白虎觀會議，並奉詔成為會議成果
——《白虎通義》的撰稿人，“天子會諸儒講論《五經》，作《白虎通德論》，令固撰集其事。”此次會議，是皇權對學術的強力介入，而這種介入的直接目的，就是要將儒學納入專制皇權的統治之下。
置身於這種文化背景且身處
“體制內”的班固，顯然，擺在他面前的治史任務已經不再是探究歷史的發展規律，而是按照皇權的要求，把西漢一代的事情進行有序的整理
，
並用經學的道理將上下二百年的歷史加以融會貫通，
“綜其行事
，
旁貫《五經》
，
上下洽通
”。司馬遷“究天人之際、通古今之變、成一家之言”的精神在班固這裡已經基本找不到了，王朝統治的現實需要，加之西漢中期以來日盛的“天人感應”說及兩漢之際的讖緯之學，這些都使得班固的學術旨趣和風格迥異於司馬遷。
透過以上對《史記》、《漢書》中關於災異解說旨趣之差異的闡述和分析，我們可以看出，在涉及災異的問題上，司馬遷似乎繼承了孔子編撰《春秋》的理性精神，司馬遷繼承了孔子修訂《春秋》的這種精神，在史料的選擇上剔除了大量迷信成分。比如，《史記
·刺客列傳》中寫豫讓行刺趙襄子未遂之事，並沒有採用《戰國策》中“衣盡出血。襄子回車，車輪未周而亡”的說法。司馬貞注曰：“恐涉怪妄，故略之耳”。這是其“不語怪力亂神”精神的一個很好的註解。
受西漢中期以來日盛的
“天人感應”說及兩漢之際的讖緯之學的影響，班固的《漢書》對災異問題則給予了更多的關注，《五行志》中對於災異的認識多有迷信及非科學的成分，這種災異觀是應該否定的。然而，班固收錄的歷史上的種種異常自然現象，卻是歷史的事實，這些災異的記錄為我們研究歷史時期生態環境史提供了寶貴的第一手資料，這又是應該肯定的。