閉經的原因極其複雜。子宮的婆婆（卵巢）、婆婆的婆婆（垂體）和太婆婆（下丘腦），稱為下丘腦一垂體—卵巢軸，它們之間複雜的相互作用，調節著性激素的變化，而子宮內膜是這一系列作用的靶器官。子宮本身的原因（如某些畸形），子宮下游器官（陰道和處女膜）的異常，也能導致閉經。

如果因為閉經而就診，需要對檢查的長期性有思想準備。醫生遵循的是從常見到罕見、由簡單到複雜的有邏輯的檢查原則，即使是華佗、扁鵲再世，也不一定一下子就把原因給找出來。

對於任何閉經，醫生首先要找生理性原因。所謂生理性原因，有些是顯而易見的，比如青春期前、絕經以後、哺乳期間；而有的是需要檢查排除的，比如妊娠。

除生理性閉經（青春期前、妊娠、哺乳、絕經後）外，其他情況引發的閉經都是病理性閉經。

按照月經生理的控制程式，病理性閉經可分為四大區域。

一區：子宮本身及子宮的下游器官（陰道、處女膜）的病變或異常引起的閉經。結核是最常引起閉經的子宮內膜方面的原因，通常來源於其他器官的結核。其他的異常包括處女膜閉鎖、先天性無陰道、陰道閉鎖、子宮未發育或子宮發育不全等畸形也是引起閉經的原因。

二區：卵巢病變引起的閉經。包括先天性卵巢發育不全、卵巢早衰（40歲之前絕經），卵巢對上級器官的指令無反應（無反應性卵巢）和某些卵巢腫瘤。

三區：垂體病變引起的閉經。包括垂體的腫瘤（垂體泌乳素瘤），產後大出血引起的席漢綜合徵、空蝶鞍綜合徵等。

四區：下丘腦病變引起的閉經。包括下丘腦的腫瘤、功能失調（如神經性厭食症）、運動過度、藥物和精神刺激等因素。