高拱，字肅卿，新鄭人。陳以勤，字逸甫，南充人。兩人同是嘉靖二十年（1541年）進士，充任裕邸講官九年。高拱是幹練型的大臣，陳以勤是忠讜型大臣。他們輔導穆宗，相得凎彰。穆宗曾親筆書“懷賢忠貞”四字賜高拱，書“忠貞”二字賜陳以勤。這是朝中一股潛在力量。嚴嵩專權時期，明穆宗是倒嚴臣僚心目中正義的象徵。太常寺少卿楊繼盛曾上疏彈劾嚴嵩誤國10大罪。疏中提到“可問二王”。所謂“二王”，其一就是裕王。當楊繼盛下詔獄被追問主使之人，他理直氣壯地說：“今廷臣無慮皆（嚴）嵩黨，孰為主使？所為引二王者、以奸臣誤國，雖能欺皇上，而不能欺二王。”
後來楊繼盛以詐傳親王令旨律論死。正是因此，世宗“愛幸日益奸人謀欲更樹。”穆宗處境更加窘迫。嚴嵩之子嚴世蕃也秘密詢問陳以勤和高拱，“聞殿下近有惑心，謂家大人（指嚴嵩）何？”高拱謔語掂塞，陳以勤則直言：“殿下每謂首軸是社稷臣，君安從受此言？”由於陳以動、高拱的羽翼，加上內閣大學士徐階從中調護，穆宗才平安無事。
張居正，字叔大，江陵人。嘉靖二十六年（1547年）進土，曾任國子監司業，與高拱相友善。嘉靖四十二年（1563年），張居正做裕邸講讀。這時穆宗已經26歲。張居正學識淵博、“每進講，必引經執義，廣警曲諭，詞極剴切”，無疑給穆宗以極深的影響。他身邊的太監李芳、更與張居正往來頻繁“數從問書義、顔及天下事”。所以明穆宗即位後，內閣中除繼續留用徐階外，“藩邸舊臣，相繼柄用”。
高拱在嘉靖末年已經入閣、陳以勤、張居正在隆慶元年（1567年）入閣。其中高拱和張居正成為隆慶朝贊穆宗新政的兩個重要人物。可以說，隆慶朝內閣核心基本在裕邸時已經形成。所以世宗去世，這些藩邸舊臣就輔佐穆宗開始了頗有生氣的事業。
皇帝去世後，第一件事就是釋出遺詔。在明代，皇帝遺詔多出自內閣首輔之手，但也要求得皇室的然諾。如明武宗去世，就是由內閣首輔楊廷和草詔，並取得孝康張太后的贊同。現在草詔落在徐階的身上。徐階繼嚴嵩後為首輔，在官僚中頗有聲譽（《明世宗實錄》卷五六六）。參與草詔的另一個人是張居正。
張居正能參與此事，除徐階器重他的才識外，還因為他在某種程度上能代表穆宗的意願。不久、穆宗又頒佈了登基詔書。兩個詔書的核心是“革弊施新”，即革除嘉靖朝的弊政，推行隆慶新政（《明穆宗實錄》卷一）。在明世宗45年嚴酷統治之下的老百姓，聽到朝廷要“革弊施新”，真是久早逢甘雨。《明穆宗實錄》卷二二上記載說：“當遺詔開讀也百姓萬民莫不感動號哭。”
所謂“革弊”，第一項內容就是平反冤案。穆宗在登極詔中指出：“自正德十六年（1521年）以後，至嘉靖四十五年（1566年）十ニ月以前，建言得罪諸臣，遵奉遺詔，存者召用，沒者郵錄。”他首先想到的是海瑞。嘉靖四十五年（1566年）二月，他針對世宗“一意修真，竭民脂膏，濫興土木，20餘年不視朝”等等弊政，上疏勸諫，從而激怒世宗，下詔獄論死。明穆宗在裕邸“素聞海瑞剴直”，非常欽佩。所以，即位後立即釋放，恢復官職。
隆慶三年（1569年），海瑞以右金都御史巡撫應天10府，銳意興革。特別是他疏浚吳松江、白茆河，對蘇松地區經濟發展起了積極作用。繼海瑞平反後，穆宗又先後給彈劾嚴嵩、諫止齋醮、大禮議及議復河套等案中被害被斥臣僚平反，或恢復名聲召用，或平反昭雪恤錄。穆宗出於勵世之心、平反嘉靖時大量案件，收到兩個明顯效果。首先，疏通了嘉靖朝閉塞的言路。此後，只要是有利於朝廷安定、有利於生產發展，有利於現固邊防的建議，他大多采納。
隆慶六年（1572年）十二月滄州鹽山縣縣丞王邦直條陳10事。穆宗以其言多切中時弊，令吏部詳議以聞，並町囑“勿以官卑廢言”。所以隆慶一朝言路比較暢通，許多重要的決策均來自下面。當時有“群議畢收，眾思成集”之稱。其次，相對緩和了統治階級內部矛盾。嘉靖時，閣臣一旦失寵，名聲掃地，甚至被殺抄家。穆宗則“優崇輔弼”，儘管當時閣權之爭也很激烈，他從不輕率支援一方。
隆慶初，徐階柄政，人心向幕、羽翼亦廣。高拱與之爭衡，勢力孤單。穆宗不得已暫罷高拱。隆慶二年（1568年）七月徐階致仕後，穆宗オ起復高拱，使之為內閣首軸。他之所以如此，是因為懂得多數朝臣的傾向和內閣的協調一致對推行新政是必不可少的條件，所以，每逢內閣出現矛盾、他總是設法調解，從而保證了最高統治集團在重大決策上的一致性。如處理蒙古俺答封貢一事，朝中議論紛紛、但閣臣間卻沒有分歧。當然這不是說穆宗對閣權之爭沒有傾向性，總的說來，他傾向於高拱和張居正。特別是張居正，由隆慶初入閣，到神宗即位躍居首輔，地位穩步上升，推行新政的共同願望把他們君臣緊緊地結合在一起。
“革弊”的第二項內容是懲治嘉靖朝崇信的道士罷除切齋醮。《明史》卷七八記載：“世宗營建最繁，十五年以前，名為汰省，而經費已六七百萬。其後増10數倍，齋官、秘殿並時而興。工場二三十處，役匠數萬人，軍稱之，歲費二三百萬，……經費不敷，乃令臣民獻助；…勞民耗財視武宗過之。”穆宗革除這一弊政，不僅肅清了朝綱，法度修明，而且也減輕了人民的負擔。至於“施新”，穆宗在登極詔中概括為“正士習。糾官邪、安民生、足國用”等項。實際上，這已成為降慶新政的綱領。
“正士習，糾官邪”也就是抓吏治。穆宗十分重視吏治。他說：“顧四方萬國，豈朕一人所能遍察…實賴爾藩桌郡縣諸臣與朕分理，共圖至治。”（《明穆宗實錄》卷五四）因此更治好壞至關緊要。穆宗認為，抓吏治必須從考察入手。為此，他在隆慶元年（1567年）考察京官，二年朝覲考察外管三年考察京官，四年考察言官，五年朝覲考察外官。
明朝陽制，王府官不予考察。中期以後，親王在地方為非作歹，其臣僚也助紂為。隆慶三年（1569年）穆宗規定，王府官除良醫、典樂、引禮含人外，一律參與考察。像如此重視官更的考察，在明朝皇帝中還是不多見的。明朝對官吏的考察有很多弊病。海瑞曾說：“今人謂朝覲年為京官收租之年，故外官（地方官）至期盛禁金以奉京官。上下相率而為利，所苦者小民而已”。（《海瑞集》上編）
隆慶二年（1568年）考察外官時，陝西副使姜子差上言：“朝官各有路費及饋遺私條，宜令進獻餘，以佐國計。”並建議布政司官進獻300兩，按察司官200兩，苑馬寺、行太僕寺官100兩，鹽運司、府正官250兩，府佐官100兩，州、縣正官200兩，州縣佐官50兩。穆宗斷然拒絕差子糕的建議，不僅不同意定製進獻，並且頒佈禁令、不準入朝官員借朝覲名義科派百姓。姜子羔也被降職，以示裁抑。他敕諭考査被留用的官員：“爾等獲被簡留，蓋寬之也。自今其幡然水思善道，勵精自新，務在廉以律己，公以存心，勤以位事。”（《明穆宗實錄》卷十六）
在用人上，他注意選拔那些急公進取的官史充任要職，不主張起用那些只憑借“歲月遲級”而平庸無為官吏。他還特別重視對官吏的賞罰，對有功的官吏，他多次表示“朕豈無爵祿以勸乎？”至於貪官汙吏，他說：“奸弊不祛，何以得真オ？”隆慶二年（1568年）正月，他針對考察中“貧官止於罷黜”的慣例指出，貪官只罷免官職“誠不足以示懲”。“今次考察諸司，贓多跡著者部院列其罪狀，奏聞處治。”由於穆宗嚴格了考察制度，所以在明朝中後期，隆慶朝的吏治比較清明，士風也相對純正。
在推行新政中，明穆宗還注意採取一些“安民生，足國用”的措施。主要有三個方面：蠲免救濟。穆宗即位後，立即宣佈蠲免隆慶元年（1567年）全國一半田賦，同時免除嘉靖四十三年（1564年）以前的賦。據統計，隆慶元年減免天下錢糧9098609石，以後每年免也在二、三百萬石左右。
隆慶年間自然災害較多，特別是河忠、地震頻仍。災害發生後，穆宗一般能夠即時救濟。在救濟中，也注意“委用的人，給散有法，使小民得沾實惠。”這對於水深火熱之中的人民多少起到了一些安撫作用。抑止兼併。明朝中期以來，大土地所有制惡性發展。世宗初年，曾一度清理莊田，限制了一部分皇族大地主，但土地兼併的趨勢並未根本扭轉。如黔國公沐朝弼，不僅在雲南有莊田174所，而且在甘肅平涼界內也佔有大量的草場土地。