誅奇氏政變後的高麗，一度從法理到實質上都擺脫了元麗關係的舊體制，但這種狀態並未持續很久，隨著元朝交涉的綏靖傾向，以及紅巾軍入據遼陽帶來的共同軍事威脅，高麗又主動恢復了與元朝的政治關係，
並陸續將政治層面的反元改革專案復舊
。然而，由於高麗獨立取得的數次軍事勝利，元朝不僅沒有發揮大國“字小”的功能，反而被破解了對高麗的軍事威懾力，這使得高麗對元朝的臣服有名無實化。孛羅帖木兒的上臺彌合了雙方關係，使得元麗宗藩體制在表面上繼續維持，但其實際意義和約束力已經消失。
在明洪武三年明朝冊封恭愍王以前，高麗王權處於一種事實自主、無所依恃的狀態，突破了元麗關係下形成的“小之事大，必得所恃，乃可立國”的政治慣例。在這種狀態下，王權的運營會受到什麼形式的、多大程度的影響，將決定高麗面臨中原王朝元明鼎革的大環境時採取何種外交方略。
一、高麗王權的重塑
元麗關係的形成與發展對於高麗後期王權的變化有著至關重要的作用，作為元朝皇權體系的一部分，高麗王權得以戰勝武臣威脅，並利用附元近側勢力的成長，在一定程度上擺脫了本國的權門世族傳統，獲得集中與強化；但同時，與蒙古皇權融為一體，也使高麗王權始終受到元朝政治的強烈影響，
這導致國王以外的高麗附元勢力膨脹
，成為對王權的新制約。恭愍王五年的反元政變，即旨在使高麗王權擺脫元朝的影響和附元勢力的威脅。這種意圖最終得以實現，但同時也對高麗王權的生存環境造成了根本性質的改變。
此時的高麗國王失去了元朝駙馬、行省丞相的身份，只能依靠自身的權威來維護正統性，維繫本國世族、官僚（包括武臣）的忠誠，但其權威在當時高麗的政治環境中實際上是存在疑問的。重新塑造國王的權威是恭愍王在脫離元麗關係體系後所面臨的主要課題，其成果對於明與高麗關係的形成過程將起到重要的影響。
二、對內政改革的推行與操控
恭愍王之即位，是元朝與高麗改革派共同努力的結果，因此忠定王時期中斷的內政改革在其即位之初便得以重啟。其中值得特別注意的仍然是田制改革，以及圍繞政房置廢的銓選制度改革這兩個方面。
高麗後期自忠宣王時起便陸續進行過多次田制改革，其主旨一般在於釐清權門豪族非法奪佔的公田，
即政府用以支付官僚俸祿的所謂“科田”
。這樣的改革必然會觸動兼併了大量土地的權門世族的利益，削弱其財政基礎，同時也可擴充國王和政府的經濟實力，並保障非世族出身的寒門子弟（特別是出身寒門的文臣）的仕進條件，因而在這一改革事項上，國王與新進文臣是天然的同盟。恭愍王即位之年設立的辨整都監是此項改革進行的一步，但在趙日新之亂以前便因權豪抵制無果而終。
此後，改革長期中斷，直到恭愍王中期辛旽掌政，“公卿舊臣皆被竄逐”，王權得到極大加強，才得以重啟。至正二十六年，“置田民推整都監，以辛旽為判事。於是權豪多以所奪田民還其本主，中外欣然。”田制改革在恭愍王時期取得了長足的進展。結合此前相同改革遭受的種種阻力，恭愍王擺脫元麗宗藩關係的影響，壓制國內權豪勢力，顯然是田制改革得以順利進行的主要原因。
相比於國王和文臣官僚在田制改革上的利益一致性
，政房制度的改革問題則暴露了二者的利益分歧。銓選程式更具隨意性的政房本質上是國王掌握用人之權的保障，而文臣試圖讓銓選恢復傳統文官制度軌道的主張必然與國王的意圖產生矛盾。恭愍王即位之初，曾一度革罷政房，但為趙日新所阻，未成。
五年誅奇氏政變後，恭愍王再度為革罷政房下教：“政房設自權臣，豈爵人於朝之意？今宜永罷。其三品以下，與宰相共議進退，七品以下，吏、兵部擬議奏聞。”次年十二月，“復歸銓選於吏、兵部。”
但這一改革成果也未維持很久
。《高麗史·柳濯傳》記載柳濯“復拜左政丞……改侍中，與評理崔瑩、密直副使吳仁澤提調政房。”按柳濯由左政丞改侍中是在恭愍王十二年五月，則可知此時已復政房。至同王十六年，已經開始專權的辛旽“以林樸為札子房知印，先是，成石璘為知印，不阿附旽，旽譖於王，以樸代之。”
此札子房即政房之別稱，由此可知當時政房是辛旽專權的重要工具。后辛旽雖敗亡，但直至辛禑元年時，仍有“憲司請革札子房，以文武二選分隸吏兵部”之事，說明這一機構在恭愍王后期是一直儲存下來的。
三、對武臣勢力的壓制
恭愍王時期王權強化的另一方向，是對武臣勢力的壓制。武臣對王權的威脅是貫穿恭愍王在位時期的持久政治現象。這一時期的高位武臣主要分為前期和後期兩組人群。
前期武臣包括恭愍王即位前由徵東行省的元朝職官體系（如都鎮撫司、萬戶等）升進者，以及高麗國王在元朝的隨從以及忽赤、鷹坊等侍衛部隊出身者，代表人物包括印璫、趙日新、鄭世雲、金鏞等，其共同特徵是都與元朝有密切的關係，雖然不像奇氏一族那樣達到與高麗國王對立的程度，但也是附元勢力的組成部分，
在元麗關係破裂時自然會受到恭愍王的懷疑
；後期武臣則是恭愍王在位中後期，透過接連不斷地對紅巾軍、元朝、女真部落、倭寇的戰事積累軍功，得以進入權力中樞的新興武臣勢力，代表人物有李仁任、崔瑩、慶復興（初名慶千興）、曹敏修、李成桂等。其中崔瑩較為特殊，他是國王近側於達赤出身，應屬於前期武臣範疇，但其進入高麗政治中心主要是因恭愍王即位以後的歷次戰功，所以還是劃歸後期武臣更為適切。
恭愍王政權所受的切實威脅主要來自於前期武臣。前文已述及趙日新之亂，雖然其旗號為誅殺奇氏，但政變過程中亦曾嚴重威脅恭愍王王權。印璫的情形與此類似，如前所述，恭愍王在發動誅奇氏政變後，即遣印璫領兵越鴨綠江侵攻遼陽行省轄下數城，但行軍途中印璫擅自斬殺恭愍王近側出身的副元帥姜仲卿，引起恭愍王疑忌。
後來恭愍王以侵犯元境的罪名將之誅殺，其實際情況在李穡《廉悌臣神道碑》中記載為：“國家恐其奔也，不即討，命公（廉悌臣）以計誅之，軍不得亂。”可知誅殺印璫的真正動機是防止其投向元朝。鄭世雲、金鏞二人與趙日新同為“從恭愍入元宿衛”的元從功臣出身，且皆“有寵於王。”
後鄭世雲在高麗抵禦紅巾軍入侵時曾怒斥宰相“玩寇如此”
，被當時的宰輔洪彥博形容為：“言貌甚傲”，而金鏞“素與世雲爭寵”，又曾在鄭世雲之前擔任總兵官，為紅巾軍大敗，因此矯旨令將領安佑等誅殺鄭世雲，事後又殺安佑等滅口。金鏞自己則被懷疑為恭愍王十二年“興王寺之變”的主謀，且有內通奇皇后、德興君之嫌疑。最終在一個月後伏誅。然而值得注意的是，金鏞殺諸將及謀逆罪狀被發覺後，恭愍王的反應卻十分優容，史載：“王雖知之，尚不加罪……及既誅之，王猶未忘，為之泣下。”
此後，高麗的軍事事務基本由後期武臣群體承擔。同樣為防止這些新興武臣形成專權，恭愍王又極力加強對兵權的控制。
如在抵禦崔濡率領的元軍入侵時
，恭愍王“慮邊將或生變，凡用兵方略，皆從中遙授，將帥自危，莫敢專制。”甚至因此使戰事一度失利。戰後也一直嚴加監視，以致得到“王多猜忌，功臣少有全者”的評價。
至正二十五年，各武臣皆因戰功登上高位，如慶千興為守侍中（從一品），崔瑩為贊成事（正二品），李仁任為三司左使（正二品）等，但同年僧人辛旽也開始用事，慶千興、崔瑩等很快遭致免職削爵，新興武臣群體受到了沉重打擊。十二月，辛旽獲得“領都僉議使司事、判監察司事”等官銜，掌握了高麗的最高政治機構，此後直至明洪武四年，前後六年間高麗一直處於辛旽專權的時期。
辛旽專權期間，高麗的政權構造表現為原本居於高位的武臣多被驅離中樞，只有少數幾位順從辛旽者保留權位，但也處於勢單力孤的狀態，同時新興的性理學派文臣獲得了重用，成為辛旽專權的基石之一。至正二十七年五月，“重營成均館，以（李）穡為判開城府事兼成均大司成，增置生員，
擇經術之士金九容、鄭夢周、樸尚衷、樸宜中、李崇仁
，皆以他官兼教官……程朱性理之學始興。”這些崇奉程朱理學的儒臣——三年後“除成均博士”的鄭道傳也包含在內——以成均館為中心，形成了一個獨特的政治派系，且成為後來高麗外交政策轉向親明的主要推力。
相對於文治的昌盛，有領軍才能的武臣大量被貶逐，以及恭愍王執著於大興土木的政策，也造成了高麗國防力量的衰退，雖然此時期少有來自大陸的軍事威脅，但自忠定王時期猖獗起來的倭寇問題仍處於愈演愈烈的態勢。至正二十六年五月，“倭寇喬桐，留屯不去，”暴露了高麗“宿衛單弱，軍政不修，至無兵可操，無甲可授，諸君索然，望賊不敢進”的境況。
總結
外界環境惡劣導致的加強國防的迫切需求，曾是崔瑩等新興武臣進入權力中樞的契機，此時也必然成為其迴歸政壇的機遇。洪武四年七月，辛旽因權勢太盛遭致恭愍王猜忌而失勢身死，慶千興隨即被召回，“復拜左侍中，提調政房。”次月崔瑩亦重任門下贊成事，
在前一年兩次攻打東寧府的戰役中立下顯赫戰功的李成桂也就任知門下府事
。新興武臣紛紛迴歸政權核心機構：都評議使司，為日後形成高麗末年所特有的政治現象：都堂政治建立了開端。恭愍王在位的最後數年，高麗的各項政策，特別是外交政策，便在都堂武臣和成均館文臣兩大派系並立的政治局面基礎上展開，並同時受到這兩個派系的強烈影響。