歷朝歷代，地方官系統中既有正印官也有佐貳官，儘管他們的品級有別，但基本上都是起到了互相制約的作用。如宋代的知州和通判，不但是上下級關係，而且通判掌握了一定的權力，甚至可以與知州相抗衡。到了明代亦如此，佐貳官仍然具有很大的許可權。不過，這種局面到了清代被完全顛覆了。

主官和佐貳官用通俗的話說就是一把手和二把手的區別，就好比現今的縣委書記和縣長的區分。知縣就是一把手，縣丞就是二把手。清代在佐貳官的設定上和歷朝歷代皆有不同，以縣一級來看，全國共有1314個縣，但設縣丞的僅有411個。

在清代的縣衙門裡，佐貳官的地位和明代有著天壤之別，實際上處於很低微的地位，官方文獻公開稱他們為“閒曹”，也就是多餘的官。按照《大清會典》的規定，縣衙裡的佐雜人員，可以分為三類：一是佐貳，主要有縣丞（正八品）、主簿（正九品）；二是屬員，有掌管獄政的典吏（未入流）、專駐某重要地點的巡檢（從九品）；三是雜職官，包括管理郵傳夫馬的驛丞、徵收商稅的稅課大使、看守糧倉的倉大使、看管水閘的閘官等。

根據乾隆時期官修的《清朝通典》統計，除典吏、巡檢及教職人員（教諭、訓導）基本上為每個縣常設外，全國縣丞僅有411個，主簿僅有96個。

從理論上講，縣丞是一縣的二把手，被稱為“二尹”或“左堂”（因其在官衙的左廳主持政務），主簿被稱為“三尹”。當正印官及知縣出缺或因公外出時，縣丞、主簿可以署理其事，代行其政。

然而事實上並非如此，清代的縣丞、主簿即便是在知縣出缺或外出辦差時，也不能署理知縣的事務。他們即不能上堂審案也不能發號施令。比如知縣出缺，縣丞、主簿無權履行知縣的職責，必須由上級領導派人來署理知縣事，一直到新任知縣上任為止。

從清代縣政的實際執行來看，縣丞和主簿更像是某種專責的官員，即當某個縣事務繁重時，為了減輕知縣壓力而設定縣丞、主簿。這種具有某種專門職能的縣丞、主簿都建有自己的衙署，實際上獨立執行。而縣丞、主簿加起來，也不足全國縣數的三分之一，這說明在清代縣制中，知縣的權力屬於專屬，因此有人稱其為“一人政府”。

由於佐雜人員的設定嚴重缺額，也影響到州縣具體職責的履行。乾隆二十九年，刑部因各省秋審（在京城於秋季舉行的複審各省死刑案件）屆期，規定各州縣酌量人犯數目，押犯赴審。但這項規定遭到了各省督撫的質疑。

如浙江巡撫熊學鵬就指出，因各省州縣佐雜人員多寡不一，如果一概照此辦法做，佐雜少的州縣會因人員不足而耽誤事情。刑部最終採納了這一建議，規定一縣之內，如果設立典吏、縣丞、主簿、巡檢的，按期將犯人押解進京，而沒有佐貳人員的州縣，可以給予延期。

最能說明清代佐雜官地位卑微的，是他們常常因收入太少，解任後連家鄉都回不了。在康熙帝統治的晚年，經常發生各州縣佐雜人員，革職、解任或身故後，因無錢回籍而羈留他鄉，甚至會有全家死亡的事。為此皇帝下令各省督撫，設法幫助這些佐雜人員解職後能夠回到原籍。但類似的事情經常發生，因而直到乾隆時期才做出規定，佐雜人員窮苦不能回籍的，由該省督撫在公項銀中賞給還鄉路費。

佐雜官員在縣政中的這種卑微地位，是理解清代基層行政組織實際執行的關鍵所在。由於佐雜官員的職責很多時候是不確定的，除了他們的職銜前加上某種特定的差事外，大多處於閒置狀態，因此才有所謂的“冗官”之稱。法律上也不允許他們處理案件、徵收賦稅，他們的權力甚至還不如衙門的書吏。

這些被納入國家行政系統的佐雜官員不能發揮作用，或者在法律上不賦予他們一定的職責，而將千頭萬緒、冗雜繁多的政務全部交給知縣一人，而後者又分身乏術，只好建立自己的私人班底，並讓他們介入縣衙的行政事務。這種制度上的不合理所帶來的弊端，無疑成為了清王朝加速滅亡的催化劑了。