上文說到，根據文字記錄和民間傳說，史前大洪水氾濫全世界，是大量物種滅絕的基本原因。而根據世界各地文字記載來看，中國是受災時間最久的地方，也是世界唯一主動治水的地方。這就是大禹治水。
對於大禹治水，中國無論是歷史還是諸子百家，或者神話，記載都非常多。但是這些記載往往讓人不相信。尤其是越到後來，人們越認為是神話，而不是真實發生過的。就算大禹時代的歷史，一般都認為的確有過這個人，但是其中的歷史情節，則是後人編造的。更為奇怪的是，堯舜禹所謂的禪讓制其實才是假的，反倒很多書都採信了。這真是是非混淆！
大禹治水之所以被絕大多數人懷疑，是因為歷史太久了，站在我們這個時代，一些事實已經無法看清。就算文字記錄非常肯定而且有憑據，我們也選擇不相信。老嚴仔細揣摩，今人不採信的原因主要有以下三方面。
第一，對於史前大洪水是否發生過，人們心存疑慮。如果沒有大洪水，大禹治水就成了無本之木。然而中國古典圖書、國外歷史記載都記錄過這一次大洪水，這是不容置疑的事實。上古大洪水直到今天還有很多現象和痕跡可以證明的，老嚴在之前的文章講得太多，而這些文章屬於一個系列，這裡就不多講。
第二，關於大禹治水的故事有很多在我們看來是唯心的東西，不符合科學觀點。比如，大禹短短十三年時間，怎麼可能治理全國水患？其實這是僵化歷史主義在作祟。我們需要站在當時的歷史和社會條件下來看。
大禹治水，可以透過四嶽號召幾乎所有的力量參與。而當時是人神共處的時代。那些所謂的神其實也是生物，而不是後世傳說中的超凡脫俗的虛擬人物。他們的確具有今天的人沒有的能力，能夠開山劈河。在現代人看來，神的力量是違背天理的，但這個所謂天理是建立在我們眼界所見的範圍內的。封建社會的時候人們還認為人會飛是違背天理的呢，然而今天我們可以拉出王麗萍翟志剛景海鵬劉博明老嚴老張小李劉傳健一大堆人證明不但可以飛，還可以飛上天。
然而這些生物在大洪水之後一千餘年裡逐漸滅絕（或者退出了人類社會），因此逐漸被人們不相信了。而他們治水的故事被一代一代添油加醋，搞得神乎其神。比如青銅峽，傳說這裡本來是一座完整的山，黃河需要從這裡流過，因此大禹派應龍來，應龍尾巴一掃，立即出現了一個巨大的豁口，黃河得以穿過。其實應龍並不是一條龍，也沒有巨大到一次掃成青銅峽。
理解這一點是最難的。首先神是生物這點很多人就不會承認，要麼不相信有神，要麼不相信神是生物，或者不認為它們具有比人類更強大的能力。當然，因為神已經不在人類社會，而當時的人們又缺少記載，這些神到底有什麼樣的能力，已無從得知，更增加了不信任者的理由。
而且，大禹治水時間上有多種說法，有說十年的，有說十三年的，也許這些都是約數。此外，這些時間指的是大禹親自參與和帶領的時間，大局穩定之後，禹回到了都城，其他的人根據他的思路繼續治理，這是一個延續很長時間的過程。在他寫作《禹貢》的時候，有一些工程還在進行，如
“
沱、涔已道，雲夢為治
”，意思是沱江、岑江治理好了，現在正在治理雲夢澤。
第三方面，大禹治水工程如此巨大，到今天卻很少留下讓人相信的痕跡。在中國，據說是大禹治水的痕跡其實很多，然而並沒有具有說服力的證據。網上有人自稱找到了大禹挖斷的九座山，分別是成都金堂龍泉山、合川雲霧山、北碚縉雲山、北碚中梁山、巴南馬鞍山、重慶銅鑼山、重慶明月山、長壽黃草山、涪陵聚雲山，全部集中在四川和重慶。這些山的確有河流穿透而過，但是並沒有文字資料佐證（《史記》說的
“度九山”太籠統，沒有指明到底是哪九座山，而且這個“九”更像是約數）。山東菏澤有一個大禹治水遺蹟風景區，出土了一些漁具，而《禹貢》也的確提到了菏澤，但並沒有說是怎麼治理菏澤的。而且漁具並不代表大禹治水啊。
然而考古界一直比較堅持，認為必須歷史記錄和考古出土相映證，才能算是信史。然而誰都知道，歷史以來盜墓高手比考古專家更內行，很多遺址、古墓都被破壞了。而且並不是所有的遺址都能被發現，歷史上眾多的地質變化掩埋了太多的東西。更何況，有一些書原本是歷史，但並沒有被考古界、歷史界採信，比如《山海經》、蘇美爾泥板文書。
大禹治水的基本思路，是把北方的水彙集到黃河。大洪水對黃河上游的影響不大（當時認為黃河發源於今天的崑崙山，從羅布泊潛入地下，從積石山流出地面），禹從積石山開始治理，把差不多把整個北中國的堰塞湖全部挖開，形成溪流、河流、支流，匯入黃河。在黃河下游平原地方，水流量太大對土地形成很大沖擊，水土流失嚴重，所以禹設計從孟津開始把黃河分為九條道，在臨近入海口的地方（可能是蘇魯之間的丘陵地帶）匯成一條河，從連雲港入海。當然，黃河在歷史上經過多次改道，現在已經變成流入渤海了。
而在中國中部，則從岷江源頭開始，把所有的水匯入漢江和長江兩條河，一直通到大海。所以當時漢江是直接入海的，而今天已經變成長江的一條支流了。而今天直接入海的淮河，那時候反而是流進長江的。其中讓長江和它的支流流出四川盆地這個最大的堰塞湖，把盆底全部疏幹，這一個工程相當宏大。上文提到的很多穿山工程都出現在四川重慶，就是這個原因。
有一些地方海拔實在太低，或者地表下窪面積非常大，幾乎無法填平，所以留下了湖泊，當時稱為大澤。《禹貢》提到的湖泊有菏澤、雲夢、鄱陽湖、
彭蠡澤
、
大野澤
、
孟豬澤
、
滎波澤
、
雷夏澤
等等。到目前，有一些湖泊已經消失，比如菏澤，在漢代的時候還是一個大湖，今天幾乎沒有水面了，只留下一個跟風箏和牡丹有關的地名。
